熒光染料指吸收某一波長的光波后能發射出另一波長大于吸收光的光波的物質。大多是含有苯環或雜環并帶有共軛雙鍵化合物。
熒光染料的應用領域具體介紹如下：
1.**分析：熒光標記的單克隆抗體技術為流式細胞儀在研究細胞膜和細胞內各種功能性抗原、腫瘤基因蛋白等領域擴展了無限的應用空間。熒光探針可以通過蛋白質交聯劑共價結合在單克隆抗體上。**熒光標記*常用的染料有異硫氰酸熒光素、藻紅蛋白（PE）以及AlexaFluor系列染料等。
2.核酸檢測：核酸熒光染料對細胞核染色后定量測量細胞所發出的熒光強度，就可以確定細胞核中DNA、RNA的含量，并可以對細胞周期和細胞的增殖狀況進行分析。有多種熒光染料可以對細胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。
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