(1)溶酶體染色試劑表面高度糖基化，有助于保護自身不被酶水解。膜蛋白多為糖蛋白，溶酶體膜內表面帶負電荷，有助于溶酶體中的酶保持游離狀態。這對行使正常功能和防止細胞自身被消化有著重要意義；
(2)所有水解酶在pH值=5左右時活性*佳，但其周圍胞質中pH值=7.2。溶酶體膜內含有一種特殊的轉運蛋白，可以利用ATP水解的能量將胞質中的H+（氫離子）泵入溶酶體，以維持其pH值=5；
(3)只有當被水解的物質進入溶酶體內時，溶酶體內的酶類才行使其分解作用。一旦溶酶體膜破損，水解酶逸出，將導致細胞自溶。
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