溶酶體(溶酶體染色試劑)的功能有二：一是與食物泡融合，將細胞吞噬進的食物或致病菌等大顆粒物質消化成生物大分子，殘渣通過胞吐作用排出細胞；二是在細胞分化過程中，某些衰老的細胞器和生物大分子等陷入溶酶體內并被消化掉，這是機體自身更新組織的需要。
溶酶體(溶酶體染色試劑)的主要作用是消化作用，是細胞內的消化器官，細胞自溶，防御以及對某些物質的利用均與溶酶體的消化作用有關。
細胞內消化：對高等動物而言細胞的營養物質主要來源于血液中的大分子物質，而一些大分子物質通過內吞作用進入細胞，如內吞低密脂蛋白獲得膽固醇，對一些單細胞真核生物，溶酶體的消化作用就更為重要了。
細胞凋亡：個體發生過程中往往涉及組織或器官的改造或重建，如昆蟲和蛙類的變態發育等等。這一過程是在基因控制下實現的，稱為程序性細胞死亡，注定要消除的細胞以出芽的形式形成凋亡小體，被巨噬細胞吞噬并消化。
自體吞噬：**細胞中無用的生物大分子，衰老的細胞器等，如許多生物大分子的半衰期只有幾小時至幾天，肝細胞中線粒體的平均壽命約10天左右。
防御作用：如吞噬細胞可吞入病原體，在溶酶體中將病原體殺死和降解。
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