染料修飾的脫氧腺苷5'-三磷酸酯廣泛用于各種非放射性DNA標記反應，包括切口平移，隨機引物標記，cDNA標記和3'-末端標記。 Cy5-dATP可用于通過常規酶促摻入方法（例如逆轉錄，缺口翻譯，隨機引物標記或PCR）產生含Cy5的DNA。這種酶促熒光標記方法廣泛用于FISH探針和基于微陣列的實驗。此Cy5-dATP綴合物可與SpectrumFRed 濾波片組一起用作紅色熒光色（SpectrumFRed 是Vysis的商標）。它在功能上等同于Cy5-dATP（珀金·埃爾默（Perkin Elmer）的NEL593001EA），穩定性大大提高。