選擇合適的熒光探針是有效地進行實驗并獲取理想實驗結果的保障。熒光探針的選擇主要從以下幾個方面考慮。
（1）儀器所采用激光器的類型：應根據儀器采用激光器的類型進行探針選擇。如共聚焦激光掃描顯微鏡(Bio-Rad 1024，美國Bio-Rad公司產品)采用氪/氬離子激光器，激發波長為488nm，568nm，647nm，可激發多種熒光探針。
（2）熒光探針的光穩定性和光漂白性：在進行熒光定量和動態熒光監測時，要求熒光探針有較高的光穩定性，也可通過減少激光掃描次數或降低激光強度的方法，來減輕光漂白的程度。但在進行膜流動性或細胞間通訊檢測時則需要熒光探針既有一定的光穩定性又要有一定的光漂白性。
（3）熒光的定性或定量：僅做熒光定性或僅是觀察熒光動態變化時，選擇單波長激發探針，無須制作工作曲線。做定量測量時*好選用雙波長激發比率探針，利于制定工作曲線。
（4）熒光探針的特異性和毒性：盡量選用毒性小、特異性高的探針。
（5）熒光探針適用的pH：大多數情況下細胞的pH在生理條件下，但當pH不在此范圍時，考慮適用該環境pH的熒光探針是有必要的。同時應注意染液自身的pH值會影響帶電荷的熒光探針與胞內組分之間的結合，因此在染液的配備時須加以考慮。